يقوم قطاع المناطق الحرة لدى النافذة الواحدة حالياً بتقديم الخدمات الآتية:
- الترويج للاستثمار في المناطق الحرة.
- تقديم المعلومات عن واقع الاستثمار والإجراءات اللازمة في المناطق الحرة.
- استلام طلبات الراغبين بالاستثمار في المناطق الحرة لعرضها على مجلس إدارة المؤسسة لاتخاذ القرار المناسب بشأنها.
المناطق الحرة في سورية عددها تسعة مناطق موزعة كما يلي:
- المنطقة الحرة في عدرا (قرب دمشق).
- المنطقة الحرة في مطار دمشق الدولي.
- المنطقة الحرة في حلب.
- المنطقة الحرة في طرطوس.
- المنطقة الحرة في اللاذقية عدد /2/
- المنطقة الحرة باليعربية.
- المنطقة الحرة بدمشق.
- المنطقة الحرة حسياء.
المنطقة الحرة الصناعية السورية – الأردنية (على الحدود السورية الأردنية قرب مدينة درعا).