يقوم قطاع المناطق الحرة لدى النافذة الواحدة حالياً بتقديم الخدمات الآتية:

1. الترويج للاستثمار في المناطق الحرة.
2. تقديم المعلومات عن واقع الاستثمار والإجراءات اللازمة في المناطق الحرة.
3. استلام طلبات الراغبين بالاستثمار في المناطق الحرة لعرضها على مجلس إدارة المؤسسة لاتخاذ القرار المناسب بشأنها.

المناطق الحرة في سورية عددها تسعة  مناطق موزعة كما يلي:

1. المنطقة الحرة في عدرا (قرب دمشق).
2. المنطقة الحرة في مطار دمشق الدولي.
3. المنطقة الحرة في حلب.
4. المنطقة الحرة في طرطوس.
5. المنطقة الحرة في اللاذقية عدد /2/
6. المنطقة الحرة باليعربية.
7. المنطقة الحرة بدمشق.
8. المنطقة الحرة حسياء.

المنطقة الحرة الصناعية السورية – الأردنية (على الحدود السورية الأردنية قرب مدينة درعا).